Grazas á puxanza do porto, o novo barrio da Pescadería medra rapidamente, e o estreito espazo que ofrece o recinto amurallado do Parrote queda pequeno. O porto vaise estendendo cara ao interior da baía e a cidade queda configurada en dous barrios: a cidade alta, amurallada e sede das institucións, e a cidade baixa ou "Pescaría", onde se concentran os pescadores e mercadores, pois as actividades portuarias atopan alí espazos de fácil acceso aos puntos de carga e descarga.

Moi pronto este barrio adquire puxanza e supera en número de habitantes á Cidade Alta, que loita por non perder o seu control do comercio portuario. Tras o descubrimento de América, A Coruña adquire a exclusividade para o tráfico coas Molucas e outras áreas con especias, contando cunha Casa de Contratación.

Comeza nesa época a fortificación da cidade para a defensa da baía, con tres castelos que cobren a área do porto, e iníciase a construción dun forte na illa de San Antón e un estaleiro no Parrote, levantado para a construción da frota.

Finalmente, a partir da segunda metade do século XVI A Coruña pasa a ser Praza Forte, cobrando máis importancia a actividade militar que a comercial. A súa localización estratéxica é fundamental nas guerras con Francia, Inglaterra e Flandes. É en 1563 cando Felipe II establece na cidade as sedes da Capitanía Xeral e a Real Audiencia, dándolle o título á Coruña de "Forza e garda do Reino de Galicia"..